毕达哥拉斯团体的所有精神、原则和行止，都植根于轮回说。如波菲留所述：“毕达哥拉斯对他的门人讲授过一些什么，已经无人清楚了，因为他们保持一种异乎寻常的缄默，但以下几点仍然是人们所共知的：第一，灵魂不朽；第二，灵魂能转移到其他生物体中；第三，已经发生过的事物还会以循环的方式重新发生，没有什么纯新的事物；第四，我们应把一切有生物都看作是同类的。”[11]人的灵魂处在一种循环的轮回之中，他将经历各种不同的生物体，历经磨难。只有经过彻底净化的灵魂，才能摆脱肉体的困扰，回到自由的“以太”，即神的世界。
在苦难的轮回中，灵魂又依怎样的法则选择它要寄寓的生命体呢？毕达哥拉斯认为，灵魂此生的体现形式取决于前生所度过的生活类型，它将在地狱里经过审判，得到相应的报偿或惩罚。[12]人身上最有力的部分是灵魂，它决定着人的生命变化。它可善可恶。灵魂向善，人就会获得幸福；灵魂趋恶，人生终会不幸。所以，毕达哥拉斯学派特别强调灵魂的净化，认为人应该在内心里对卑劣的行为感到悲哀、恐惧，对良善的行为感到喜悦；应该通过研习音乐与天文，使灵魂体悟到一切皆数，并由此得到净化。